행주서원은 행주산성에서 서쪽, 산성 정문으로부터는 한강방향으로 약 400m 거리에 위치한다. 조선 후기 헌종 때 왕이 권율 장군의 제향을 지낼 건물이 없음을 안타깝게 여겨 헌종 7년(1841)에 사당을 짓도록 하고 이름을 紀功祠로 하였던 것이 행주서원의 기원이 되었다. 그 후 권율 장군을 제향하는 사당을 별도로 두고 이곳에서 후학들의 교육을 담당하게 하기도 했다.  가로 18m, 세로 20m의 담장터가 남아 있던 것을 최근에 복원하였다. 그 안 뒤편으로는 약간 높은 대지에 사당이 있던 자리가 남아 있는데 건물터는 정면 8.4m, 측면 6.5m의 주춧돌 중 아래로는 장대석의 석축이 남아 있으며 석축 아래로 강당으로 쓰이던 건물이 남아 있다.